Tàu vũ trụ Yamato 2199

Năm 2199, đế quốc Gamilas, kẻ thù đến từ ngoài hệ mặt trời, vì cứu vãn sự nguy vong của hành tinh mẹ, bắt đầu xâm lược các tinh cầu khác. Quân đội Trái đất đã thất bại thảm hại trong cuộc giao tranh với Quân đội Đế quốc Gamillas, trong khi Quân đội Đế quốc Gamillas đã thả một lượng lớn bom du hành có chứa năng lượng phóng xạ xuống Trái đất. Sức đề kháng của Trái Đất ngày càng yếu đi. Ben và Gamillas đã giúp đỡ hành tinh Iskandar của Twin Planet bằng cách gửi bản vẽ thiết kế động cơ sóng và pháo sóng đến Trái đất và thông báo cho quân đội Trái đất rằng hành tinh này có thiết bị loại bỏ năng lượng phóng xạ, Máy rửa vũ trụ D. Trong trường hợp mất liên lạc với châu Âu và châu Mỹ, Lực lượng Phòng vệ Trái đất đã sử dụng công nghệ do hành tinh Iskandar cung cấp để biến Yamato, đang ngủ dưới đáy biển, thành một tàu chiến vũ trụ. Toàn bộ phi hành đoàn của Yamato đã bắt tay vào một cuộc hành trình dài để lấy lại Cosmic Cleaner D.